Фантастический боевик «G.I. Joe: Бросок кобры 2» продолжает рассказывать о работе международного военного подразделения «G.I. Joe» и противостоянии бойцов этого подразделения с влиятельными и опасными криминальными группировками, лидеры которых мечтают захватить власть над всем миром. После очередного успешно выполненного задания команда «G.I. Joe» подвергается нападению. Большинство людей из отряда погибло. Выжившие счастливчики начинают вести расследования произошедшего, нити которого ведут прямо в Белый Дом. В облике президента США скрывается опасный преступник и командир террористической группировки «Кобра» Зартан. Именно он отдал приказ на уничтожение «G.I. Joe». При помощи генерала Джозефа Колтона подразделение начинает борьбу с «Коброй».