Сюжет мистического сериала «Чёрная лагуна: Вершины» рассказывает об учениках школы-интерната для сложных подростков на которых давно махнули рукой родители. Школа находится в отдаленном горном районе Пиреней, а по соседству находится лишь древний монастырь. Так ученики школы полностью изолированы от мира и не могут сбежать из труднодоступного места. Четверо подростков попадают в исправительную школу и вскоре начинает замечать, что в стенах школы твориться что-то мрачное и до ужаса пугающее, а соседние монахи явно скрывают какие-то страшные секреты.