В сюжете приключенческого мультфильма «Эволюция Черепашек-ниндзя» компания уникальных и очень веселых героев-мутантов из команды ниндзюцу продолжает бороться с криминалом в городе и всячески очищать улицы от преступников. Но однажды происходит шокирующее появление паренька по имени Кейси Джонс, который утверждает, что в будущем произошла жуткая война с инопланетянами и мастер Леонардо послал его в прошлое дабы он нашел некий ключ, чтобы остановить инопланетного монстра. Вот только Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело совершенно не верят в эту фантастическую чушь…