Действия мультфильма «Тайна Келлс» происходят в Ирландии в начале 9 века. Юный мальчик-сирота Брендан живет в отдаленной глубинке при Келлском монастыре, настоятелем которого является его дядя Келлах. Вокруг монастыря находится лес и мальчику запрещено покидать пределы аббатства, чтобы не попасть в беду, тем более, что в последнее время норманны совершают варварские набеги на деревни и поселения. Однажды в монастырь прибывает монах Эйдан из разрушенного монастыря на острове Ионы.

Этот монах известен своим мастерством иллюстрировать книги, а Брендан всегда мечтал познакомиться с этим человеком и вот его мечта сбылась. Вместе с собой Эйдан привез необычную незаконченную книгу, от иллюстраций которых слепнут глаза, так они прекрасны. Видя заинтересованность и склонность мальчика к искусству, Эйдан берется обучать его мастерству рисования. С этого момента жизнь героя мультфильма «Тайна Келлс» наполняется новыми познаниями и необычными приключениями.