В центре сюжета фантастического мультфильма «Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» — четверка отважных героев, которые ведут борьбу с преступностью в родном Нью-Йорке. Правда жители города совершенно ничего не знают о своих героях, так как они всю свою жизнь скрываются в подземной системе канализации. Черепашки-ниндзя прекрасно владеют ниндзюцу, которому их обучил мудрый учитель и наставник Сплинтер, и мечтают жить на поверхности как все нормальные люди. Подростки Микеланджело, Рафаэль, Донателло и Леонардо стремятся завоевать любовь жителей Нью-Йорка и начинают борьбу с преступным миром города при помощи своей подруги Эйприл О’Нил. Вскоре четверка узнает, что помимо них в городе существует множество мутантов.