События разворачиваются вокруг Фокса Малдера и Даны Скалли — специальных агентов ФБР, которые занимаются расследованием дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер подозрительно относится к правительству родной страны и горячо верит в существование инопланетян, поскольку помнит, как пришельцы похитили его сестру, когда он был ребенком. Скалли — опытный врач-скептик, которая считает, что любые «паранормальные» явления имеют логическое объяснение. Несмотря на существенные различия в мировоззрении и профессиональных навыках, Фокс и Дана постепенно становятся эффективным тандемом оперативников, работающих над масштабными расследованиями.