После увлекательных приключений зверей на одном из тропических островов, четверка веселых и непоседливых пингвинов полюбилась многим зрителям. На этот раз пингвины Мадагаскара, они же — самая элитная команда шпионов, состоящая из: Шкипера, Ковальски, Рико и Прапора вынуждена объединить усилия со сборной командой тайных агентов «Северный ветер», цель работы которой заключается в помощи животным, которые не могут помочь себе сами. Совместная работа необходима для поимки злобного гения осьминога Дэйва, в ближайшие планы которого входит уничтожение всего рода пингвинов, на которых он давно затаил обиду. Вот только элитная четверка привыкла работать в одиночку, на ходу придумывая планы, а точнее сказать — импровизируя. Однако, когда грозит опасность, пингвины Мадагаскара все равно все делают по-своему!